La  idea de crear el CBCM surge en el año 2001 por parte del P. Luís Miguel Romero PhD Rector- Canciller de la UTPL en ese entonces, ante la necesidad de tener un Centro de Biología Celular y Molecular, que cuente con una infraestructura adecuada y a su vez consolide un equipo de investigadores de alto nivel integrado por profesionales en diferentes áreas, que permita llevar a cabo proyectos de investigación que brinden solución a las problemáticas de la sociedad haciendo uso de la biodiversidad.

El primer investigador en tomar el reto de formar este centro en el sur del Ecuador es el Blgo. Juan Pablo Suárez, y a partir de esa fecha se han ido sumando muchos investigadores más, hasta constituir lo que hoy conocemos como CBCM.

El CBCM mantienen proyectos investigativos con diversas Instituciones a través de los estudiantes de doctorado que se han formado y continúan haciéndolo: Universidad de Tübingen y la DFG (Alemania), Universidad Politécnica de Madrid (España), Universidad Autónoma de México (México), University of Idaho (Estados Unidos), Universidad Rey Juan Carlos (España), Université Catholique de Louvain (Bélgica).