La diferencia, a efectos de estructura web, entre subdirectorios www.utpl.edu.ec/eva y sudominios eva.utpl.edu.ec es la separación que se desee dar a los distintos contenidos de un sitio web; cuando no se sale de la temática de una web no es nececesario crear distintos subdominios para los contenidos, pudiendo utilizar subdirectorios (carpetas) para los distintos contenidos o apartados del sitio web.

Los subdirectorios al ser una carpeta del mismo sitio web, son más fáciles de administrar debido a que toda la información referente a esta sección se encuentra reunida en una carpeta.

Los subdominios pueden ser difíciles de configurar, significa configurar los DNS, CNAME, etc, cosa difícil si se es un primerizo. La ventaja es que un subdominio puede contener un nombre distinto al dominio, es la mejor opción para la separación de distinto tipo de contenido.

Desde el punto de vista posicionamiento en los buscadores, los subdominios o subdirectorios no presentan grandes diferencias al respecto ambos serán iguales en lo que se refiere a la velocidad de rastreo y la indexación.

Enfocándonos en uno de los buscadores más utlizados como es el caso de Google permitirá que sólo dos resultados por dominio aparezcan en una página de búsqueda. Esto significa que para una búsqueda tratará a los subdominios y a los subdirectorios de la misma manera.

Considerando otros motores de búsqueda, hay varios de ellos que si consideran a los subdominios como páginas web distintas.

Utilizar cualquiera o ambas posibilidades nunca podrá ni deberá reemplazar el hecho de que el contenido es lo importante, ya que el usuario es quien decide con sus visitas y/o enlaces que sitio o blog está por sobre otro.